Der kleine Angestellte einer Computerfirma, Thomas A. Anderson, führt nachts ein Zweitleben als begnadeter Hacker namens Neo. Er hat die Theorie, dass hinter allem, was er erlebt, etwas viel Größeres steckt, etwas, das sein Tun und Handeln absolut beherrscht. Auf der Suche nach diesem geheimnisvollen Etwas verbringt er Nacht um Nacht vor dem Computer. Doch dann hackt sich jemand in seinen Computer und stellt ihm elektronisch die Frage "Was ist die Matrix?". Thomas versteht zunächst gar nichts, aber er ahnt, dass diese geheimnisvolle Matrix jene absolute Macht ist, die sein Leben steuert. Eines Nachts wird Neo von Trinity kontaktiert, einer schönen Fremden, die ihn in eine andere Welt entführt, eine "Unterwelt". Hier trifft er den Widerstands-Guru Morpheus, den Führer einer Rebellengruppe, von dem behauptet wird, er sei der gefährlichste Mann der Welt. Dort unten, im U-Boot-artigen Gleiter der Rebellen, erfährt Neo die erschreckende Wahrheit und den Grund, warum Morpheus ausgerechnet ihn hat entführen lassen: In Wirklichkeit lebt er im 23. Jahrhundert, in dem die Menschen von intelligenten Maschinen unterdrückt werden. In riesigen Farmen halten diese die Menschen zu ihrer eigenen Ernährung, während den menschlichen Gehirnen duch die "Matrix" ein "normales" Leben vorgegaukelt wird – die Matrix ist nichts anderes als ein unglaublich komplexes Computerprogramm. Morpheus hat Neo zu sich bringen lassen, weil er überzeugt ist, dass der junge Hacker der "Auserwählte" ist – der Retter, der laut Prophezeihung die Menschheit von der Plage der Maschinen befreien kann. Neo selbst kann das nicht glauben, doch schon seine ersten Begegnungen mit den Agenten der Maschinenwesen, die von Agent Smith angeführt werden, lassen ihn zweifeln. Dank einer Computerschulung und einer Unterweisung in asiatischen Kampftechniken ist Neo schon nach kurzer Zeit in der Lage, den unglaublich schnellen und wandlungsfähigen Agenten Paroli bieten zu können. Doch dann wird Morpheus von den Dienern der Maschinen gefangengenommen. Mit der Symbolfigur des Widerstandes steht das Schicksal der Menschheit auf Messers Schneide. Trinity und Neo versuchen in einer Harakiri-Aktion, Morpheus aus den Händen von Agent Smith zu befreien...

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